En 2016, la réforme territoriale portée par la loi NOTRe a réduit à 13 le nombre de régions métropolitaines (contre 22 antérieurement). Ce redécoupage s'est accompagné d'un nouveau transfert de compétences vers les Conseils régionaux, renforcés dans leurs prérogatives en matière économiques et d'aménagement du territoire.

Cette réforme a un double enjeu. Un enjeu géographique car il faut que l’organisation régionale réponde au nouveau découpage ; et un enjeu stratégique, dans la mesure où le renforcement des compétences des collectivités régionales – et dans une autre mesure celles des Métropoles et Agglomérations en matière de déchets, d'urbanisme, d'assainissement, de gestion de la ressource en eau… – rencontre les domaines de spécialités du BRGM et est porteur de nouvelles opportunités.

Ainsi, pour optimiser son implantation territoriale, le BRGM a choisi de « coller » au nouveau découpage régional tout en veillant à préserver son ancrage. L’établissement a mis en place 13 directions en métropole, tout en maintenant 5 délégations dans des villes où l'État lui-même choisissait de conserver des services, comme les DREAL, par exemple. Aussi, 5 directions régionales sont implantées à l'Outremer (Guadeloupe, Martinique, Guyane, Mayotte et La Réunion) ainsi que 2 antennes en Nouvelle-Calédonie et Polynésie française.

Un défi, une opportunité

L'objectif de travailler à effectif constant, en laissant à tous les agents concernés par la réorganisation géographique la possibilité d'une nouvelle implantation ou d'une mobilité vers le siège, et la mise en place de mesures d'accompagnement, ont également facilité cette transition.

Avec cette réorganisation, le BRGM est mieux armé pour jouer un rôle auprès des collectivités. Les regroupements ont engendré des unités régionales aux moyens renforcés, avec des synergies nouvelles, et donc plus ouvertes, plus réactives et plus visibles vis-à-vis de l'extérieur. 
Cette réforme est entrée en vigueur le 1^er janvier 2017.