À la fin des années 1990, le BRGM continue de renforcer son potentiel dans ses domaines de compétence, en particulier sur tous les phénomènes naturels ou anthropiques affectant le sol et le sous-sol et sur les objets géologiques ayant potentiellement un intérêt économique. 

Pour ce faire, il s’associe avec des partenaires publics ou privés aux compétences complémentaires, en France, en Europe ou sur d’autres continents, une pratique qu’il entend encore intensifier notamment au travers des projets des Programme-cadre pour la recherche et le développement (PCRD) européens.

Il est notamment membre ou coordonnateur de nombreux programmes ou réseaux d’excellence européens, par exemple sur le stockage du CO2, les risques, les pollutions. Cette démarche lui a permis en 2006 d’obtenir le label Carnot, attribué aux structures de recherche françaises qui collaborent de manière efficace avec les acteurs socio-économiques. Il s’agit d’un label d’excellence créé en 2006 par l’Agence nationale de la recherche (ANR).

L’objectif est de favoriser le transfert des résultats de recherche et de technologies vers les acteurs socio-économiques, le partenariat entre laboratoires publics et entreprises et le développement de l’innovation. Le label Carnot reconnaît et soutient les laboratoires publics qui s’engagent à positionner la recherche partenariale au cœur de leur stratégie de recherche et à mieux prendre en considération les besoins du monde socio-économique.

Les actions "Carnot filière", un soutien pour les entreprises

En 2016, le BRGM a vu son agrément renouvelé suite à l’appel à projet « Carnot 3 ».

Cette année-là, les instituts Carnot se structurent pour soutenir les entreprises - TPE, PME et ETI - des filières économiques dans leurs efforts de recherche, développement et innovation (RDI). Parmi huit actions "Carnot filière" mises en place, le BRGM est partie prenante des actions Industries extractive et première transformation (Extra&Co) et Eco-énergies (EnergICs).